脊髓损伤之后是炎性事件，如活性星形细胞增生，其上调许多基因的复杂级联和形成胶质瘢痕。这通常导致在损伤水平以下的神经功能的永久性丧失。相当大的努力已经涉及脊髓损伤诱导的炎性细胞因子，导致小神经胶质细胞的活化诱导的神经毒性活性星形细胞的研究已取得和那些代表潜在的治疗靶标;然而，目前尚不清楚与脊髓损伤相关的基因如何相互作用以及它们之间起着关键作用。研究人员认为基于网络的整合和生物信息学分析可用于与疾病相关的基因/蛋白质的数据将揭示评估脊髓损伤对脊髓损伤影响的可能机制，从而提高清晰度。如已知由静电力驱动并涉及疏水效应的生物化学事件是具有高特异性的物理接触，通过该物理接触建立基因或蛋白质相互作用网络。在生物分子网络中，节点表示基因或蛋白质，而链接表示它们的物理或功能相互作用。网络分析证明用于建模生物系统的有效途径。例如，它可以揭示的癌症的分子机制，并推断与环境化学品相关的疾病。在过去十年中，随着RNA测序技术的普及和生物信息学分析的发展，用于构建生物分子网络的大量数据已经从公共数据库/资源中获得，例如在线孟德尔遗传，京都基因与基因组百科，搜索工具相互作用基因的检索/蛋白质，和比较毒物基因组学数据库。在线孟德尔遗传是基于对已发表的同行评审的生物医学文献的选择和评论的人类基因和遗传疾病和特征的更新目录，并已成为国家生物技术信息中心的数据库之一; 京都基因与基因组百科是一个包含基因组，疾病，药物和化学物质的数据库集合，其特点是生物学相关途径的产物; 蛋白质包括生物学中的实验数据，计算预测方法和公共文本集，以及与众多来源的链接，并且能够产生已知和预测的蛋白质 - 蛋白质相互作用; 和C比较毒物基因组学数据库以结构化格式从选定的文献资料中提取化学基因/蛋白质相互作用，化学 - 疾病和基因 - 疾病关系的数据，并控制词汇和推理分数，并将这些数据与来自国家生物技术信息中心，在线孟德尔遗传，京都基因与基因组百科和8个其他数据库，并将所有交互链接到原始出版物，以使用户能够访问源数据以获取有关相应实验的特定详细信息。毒理基因组学方法可用于识别它们。TNF在1968年首次被发现为淋巴细胞诱导的细胞毒性因子，被称为淋巴毒素; 因此，可能有利于使用C比较毒物基因组学数据库数据库收集脊髓损伤基因数据，以及用于筛选该数据的C比较毒物基因组学数据库内部评分系统。C比较毒物基因组学数据库中有数千种与脊髓损伤相关的策划基因，可用于所需的生物信息学分析，例如本研究中关于脊髓损伤对脊髓损伤的影响。

在努力评估气体对脊髓损伤的影响，研究人员设计了一个基于网络的集成和生物信息学分析方法，结合疾病基因毒理，蛋白质相互作用网络，和基因本体论富集分析和疾病推理。首先，从C比较毒物基因组学数据库检索脊髓损伤。接着，介入该盖斯蛋白相互作用，从蛋白质数据库集成并且经由Cytoscape的可视化一种流行的开源生物信息学软件平台，用于网络分析。最后，通过使用相互作用的蛋白质，推断出与脊髓损伤相关的功能和途径。结果，挑出了最重要的以及前30种相互作用的蛋白质; 确定了受影响的功能和途径; 预测了包括神经和心理障碍在内的疾病，从而更好地了解了脊髓损伤对脊髓损伤和相关疾病的影响。该分析方法也有望用于研究脊髓损伤中涉及的神经营养因子和神经生长因子及其后果。利用系统层面的生物学数据研究疾病基因关联能够改善目前对疾病关系的认识，从而进一步改善疾病诊断。

研究人员认为脊髓肿瘤诱导的炎症介质是一种抑制受损组织/细胞再生的毒素，从已知的生物医学数据库，比较毒物基因组学数据库，蛋白质等中鉴定了相关基因和相互作用蛋白，并选择了最佳30种基因/蛋白质，脊髓损伤，可用于研究它们在网络拓扑，基因本体论，信号通路和疾病推断水平上对脊髓损伤的影响，为寻找脊髓损伤介入的潜在方法提供新的视角。

根据这项研究，超过10,000个与脊髓损伤和TNF相关的基因得分最高。从网络拓扑的角度来看这样的网络允许容错行为，如果发生集线器故障，网络通常不会失去其连接性，因为剩余的集线器将迅速取代故障集线器。这表明尽管TNF对脊髓损伤修复有负面影响，但所有其他主要中枢，应该在未来同时针对开发新的治疗方法，而不是针对个体特定基因，一次一个，这可能达到更好的疗效。

此外，脊髓损伤30成员主要干扰细胞反应和代谢过程，细胞外空间和细胞外区域组分，蛋白质结合和受体结合功能，以及通过基因本体论和途径富集分析鉴定的TNF信号传导途径。值得注意的是，TNF信号传导途径被提升至脊髓损伤30成员的最高富集水平并且具有最显着的p值。虽然相当多的证据已经揭示TNF的影响作为炎症性细胞因子的诱导脊髓损伤后，未来应更加重视TNF，并将其视为一种主要的信号传导途径，并将其作为脊髓损伤修复的关键和潜在治疗靶点。

此外，通过C比较毒物基因组学数据库疾病推断，癫痫发作与TNF高度相关。在临床上，癫痫，脑外伤后可能出现的，有趣的，反复发作可能发展成创伤后癫痫。也观察到了以下的脊髓损伤发作。更有意思的是，抗癫痫药丙戊酸用作脊髓损伤小鼠模型的干细胞移植补充剂，可显着增强后肢功能的恢复。这些表明用于治疗癫痫的某些药物可用作脊髓损伤治疗中的佐剂; 然而，这些观察和建议与原始研究人员没有直接关联，并且提出的机制尚不清楚。因此，TNF是本研究中确定的最重要的中枢，可以进一步与上述发现相关联，并将成为未来脊髓损伤研究的方向。

必须提及本研究的其他方面。除了C比较毒物基因组学数据库，进行了全面搜查，构建蛋白质相互作用网络和后续的生物信息学与脊髓损伤或其他疾病相关的基因/蛋白分析可能是来自在线孟德尔遗传或其他可公开获得的数据库，这将产生类似的结果，因为几乎所有的公共数据库与互联网相互连接; 因此，主要数据大多相互重叠。因此，C比较毒物基因组学数据库包括在线孟德尔遗传和其他10个数据库。在本研究中使用C比较毒物基因组学数据库作为其全名以及其功能，这些功能符合对脊髓损伤中作为一种神经毒素治疗炎性细胞因子的要求。近年来，疾病基因组测序和疾病基因组的其他高通量研究已经产生了许多值得注意的发现。关于疾病基因的直接数据通常源自RNA-seq，因为它优于其他高通量技术，例如精确度，动态范围和差异表达检测中的微阵列，并且几乎完全取代微阵列用于进行基因测试。在在线孟德尔遗传策划中的条目有参考来自RNA-seq的结果和国家生物技术信息中心在线接受RNA-seq数据并与其他数据库和研究人员共享。组合使用RNA-seq方法进行蛋白质相互作用网络分析，发现TNF在小鼠模型中对于挫伤性脊髓损伤的蛋白质相互作用网络中具有最大数量的连接边缘，并且脊髓损伤基因列表中排名最高的基因与重叠相当; 然而目前的方法几乎没有描述脊髓损伤对脊髓损伤的动态影响。在另一方面，值得注意的是，由于其多效性作用，TNF显示，例如，将正对调节性T细胞的作用和防止神经元免于死亡/凋亡通过激活NF-κB;因此，抑制TNF过表达可能不是脊髓损伤治疗的理想干预措施，需要进一步观察。

此外，为了更有效地预测脊髓损伤药物靶标，可以使用基于个体基因组数据和调节功能的“脊髓损伤标志”概念构建来自脊髓损伤的反应性炎症的患者特异性信号传导网络，就像“信号网络”一样。癌标志已经被开发并基本上用来显示癌症和药物靶点的分子机制。这种提出的分析方法也有望用于研究脊髓损伤后的神经营养因子和神经生长因子。

随着不断扩展的技术以及基因和蛋白质的新信息，目前的结果将有更多的检查和修改可能性，并将推进当前的脊髓损伤分析方法。